2285年，在與可汗的戰斗中損壞的聯(lián)邦星艦進(jìn)取號，返回了地球的太空港以進(jìn)行維修?？驴诉€在為斯波克的死感到悲傷。麥科伊醫生出現了種種異常的行為：如擅自闖入被封鎖的斯波克原來(lái)的艙房、胡言亂語(yǔ)等，最后他被送進(jìn)了醫院進(jìn)行精神檢查。斯科提被另分派到了聯(lián)邦星艦精進(jìn)號。星際艦隊指揮部對新形成的創(chuàng )世星下達了禁入令?？驴吮桓嬷?，進(jìn)取號即將除役。斯波克的父親沙瑞克找到柯克并告訴他，斯波克的遺體必須返回瓦肯星，否則他的靈魂就不得安息。沙瑞克要求柯克必須回到創(chuàng )世星，尋回斯波克的遺棺并將它帶回瓦肯星——而斯波克臨死前與麥科伊進(jìn)行了心靈融合，因此帶有斯波克靈魂的麥科伊也必須前往瓦肯星?？墒?，星際艦隊拒絕讓陳舊的進(jìn)取號離開(kāi)太空港。從醫院出來(lái)后聽(tīng)聞消息的麥科伊，企圖招募一艘飛船回到創(chuàng )世星。在與人爭吵時(shí)他被逮捕，但這并沒(méi)有影響到整個(gè)計劃：在柯克、斯科特、蘇魯、烏乎拉和切科夫的幫助下麥科伊順利逃脫，并一同登上了被廢棄的進(jìn)取號。為了避免被追擊，斯科提還破壞了精進(jìn)號的引擎。六名伙伴冒著(zhù)毀掉畢生事業(yè)的風(fēng)險，駕駛進(jìn)取號航向創(chuàng )世星。其間，克林貢人得知了創(chuàng )世計劃和創(chuàng )世星的消息。由于擔心聯(lián)邦將其改造為一種新式武器，克魯格船長(cháng)率領(lǐng)一艘克林貢猛禽戰艦，去奪取或摧毀這一戰略性的武器。在聯(lián)邦星艦葛瑞森號上，戴維·馬庫斯博士與莎維可上尉在創(chuàng )世星的軌道上進(jìn)行著(zhù)科學(xué)觀(guān)測。他們很快便在地面上發(fā)現了生命形式，出于好奇心的驅使，他們倆傳送上了星球表面并發(fā)現了斯波克空蕩的遺棺。循著(zhù)生命形式的讀數，他們發(fā)現了幼年斯波克的活體：成長(cháng)速度奇快，但卻沒(méi)有意識或靈魂?？肆重暼嗽诖藭r(shí)也抵達了創(chuàng )世星，他們摧毀了葛瑞森號并抓獲莎維可、馬庫斯和少年的斯波克作為人質(zhì)。不一會(huì )，進(jìn)取號也抵達穆塔拉星區（MutaraSector），很快就被克魯格與他的一群克林貢戰士攻擊到癱瘓。由于克林貢人威脅將奪去人質(zhì)的生命，柯克使用了一個(gè)計謀來(lái)重新掌控局勢，但并未成功。戴維·馬庫斯隨后被克林貢人殺害。由于沒(méi)有其他的選擇，柯克只得向克林貢人投降?？驴藶榱酥匦抡紦巷L(fēng)，冒死一搏啟動(dòng)了進(jìn)取號的自毀程序。進(jìn)取號的船員隨后傳送上了創(chuàng )世星，目睹著(zhù)進(jìn)取號在一片亮光中毀滅，同時(shí)也捎帶上了克魯格大部分的戰士?？驴俗罱K與他的團隊從克林貢人手中營(yíng)救了斯波克與莎維可，并在與克魯格的一對一戰斗中殺死了他。由于創(chuàng )世星獨特的力量，斯波克的遺體得以重生，并隨著(zhù)創(chuàng )世星衰老的速度迅速地成長(cháng)。在離開(kāi)不穩定的創(chuàng )世星時(shí)，斯波克剛好達到死亡前的年齡。在登上奪來(lái)的猛禽艦時(shí)，創(chuàng )世星開(kāi)始了劇烈的爆炸。在沙瑞克的庇護下，猛禽艦抵達了瓦肯星。在經(jīng)歷了危險的“浮圖邦術(shù)”儀式后，斯波克的靈魂離開(kāi)了麥科伊的意識回到了自己的身體中。儀式最終成功，復活的斯波克開(kāi)始重新回憶他的過(guò)去與朋友。他問(wèn)進(jìn)取號的船員們，為什么要冒著(zhù)失去生命與毀掉事業(yè)的危險營(yíng)救他；柯克告訴他，有些時(shí)候需要“犧牲小我，成全大我”。